第二代支付系统是以清算账户管理系统为核心系统，大额支付系统、小额支付系统、支票影像交换系统、网上支付跨行清算系统等为业务系统，以支付管理信息系统为辅助支持系统的多应用多功能的支付系统。
第二代支付系统主要特征：
（1）统一第一代系统分散的接入渠道；
（2）调整图家处理中心和城市处理中心的功能定位；
（3）各个业务应用系统相互独立；
（4）提供多边轧整净额结算模式；
（5）支持外汇交易市场的“簌款对付”结算；
（6）启用多种排队业务解救机制；
（7）提供各类账户查询功能；
（8）全面改进参与机构服务体验。
