很多购房者办理房贷首选公积金贷款，其次是组合贷款，最后才是商业贷款，认为组合贷款比商业贷款好。尽管组合贷款比商业贷款更加省钱，但是办理的劣势也较为明显。主要体现在以下两个方面：
首先，办理的银行必须由公积金管理中心指定，使得购房人在选择银行、贷款产品以及还款方式上存在一定程度的制约。
其次，组合贷款的办理时间较长。因为组合贷同时涉及到公积金与商业两种贷款，所以需要进行两遍审核程序，而商业贷款部分需要抵押登记后银行见他项权利证才能放款，这也使得组合贷在办理流程上比纯商贷与纯公积金时间更长，造成很多开发商对这种贷款方式的接受程度低。
而且在贷款办理的费用方面，由于组合贷款需要分开收取公积金与商业贷款的服务费，所以和商业贷款相比，购房者在办理组合贷时可能会增加费用支出。
